企业法人不能直接申请冻结账户，因为法人本身不具有主体资格。如果法人对公司的账务有疑问，并且这种疑问损害到了自己的权益，法人可以以自己的名义起诉公司，并向法院申请冻结账户。
根据《中华人民共和国公司法》第二十条的规定，公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或其他股东的利益。如果公司股东滥用股东权利给公司或其他股东造成损失，应当依法承担赔偿责任。如果公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。
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