合同存档的方法有以下几种：
纸质合同保管方法
存档保管：企业应根据单位的规章制度进行存档保管，专业性强的业务合同一般会在业务负责部门、财务部门、法务部门分别存档，确保合同的完整性和可追溯性。
电子化备份：建议将纸质合同扫描并留存电子档合同，以防纸质合同原件因不可预期的意外而遗失。电子化备份不仅可以方便管理和查找，还能在需要时快速提供证据。
电子合同的保管方法
使用电子合同服务平台：这些平台通常提供安全的电子签名技术和完善的合同存储和管理功能。
导出为PDF文件：将电子合同导出为PDF文件，这是一种通用的文件格式，可以在各种操作系统和设备上打开和查看。
选择存储在云服务或本地硬盘：
云服务：选择提供大容量存储空间、方便备份和共享文件的云服务商，可以随时随地访问和共享电子合同。
本地硬盘：将电子合同保存在计算机或移动设备的硬盘上，以便在需要时随时取用。
定期备份电子合同：为了防止因硬件故障或其他原因导致电子合同丢失，需要定期对电子合同进行备份。
建立电子合同的索引和归档系统：建立一个索引和归档系统，方便查找和检索电子合同，可以使用简单的文件夹结构或复杂的数据库系统。
合同归档管理流程
合同应交由企业档案管理部门进行归档，档案管理一般为法务部门或行政部门。为保稳妥，建议企业每个合同至少应留存两份原件，并分别放置两个地方独立留存。
合同登记的项目应由企业的业务部门与归档部门一同汇总，共同完成登记工作。
合同归档之前进行扫描，留存合同电子版，做到纸质文件与电子文件的统一。日后非必须使用原件时，查询电子版本即可。
劳动合同存档流程
审核劳动合同的规范性：劳动合同签订完毕后检查劳动合同填写是否规范，有无涂改或字迹不清的地方，有无缺页少页，合同是否盖章，确保合同表面整洁无污渍。
劳动合同编码：编码规则按劳动合同自然生成的顺序生成3位流水码。
登记劳动合同台账：建立劳动合同单独的台账，台账内容包括：员工姓名、员工编码、入职日期、劳动编号、劳动合同签订的起止日期等。将编好码的劳动合同登记到劳动合同台账中，并在劳动合同台账中注明是第几次续签劳动合同。新上线的系统可以定期根据建立的劳动合同台账更新。
劳动合同的归档：将编好码的劳动合同按照顺序号整理归档，归档时要注意档案的整齐整洁，保证按顺序号排列，无错排和缺号的情况。
建议
双重备份：无论是纸质合同还是电子合同，都应进行双重备份，以防遗失。
建立索引：无论是纸质还是电子合同，都应建立索引系统，方便快速查找。
定期审查：定期对合同进行审查和更新，确保合同的有效性和合规性。
遵守法规：存档合同应遵守相关法律法规，确保合同的合法性和有效性。
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