土地整理通常归县级以上人民政府自然资源主管部门管理。根据《土地管理法》和相关规定，国务院自然资源主管部门负责全国土地的管理和监督工作，而地方上则由县级以上地方人民政府自然资源主管部门根据国务院的规定来设置和确定其职责。
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